Centrum Innowacji Naczelnej Organizacji Technicznej powstało 1 maja 2005 roku. Jego pieczy powierzono m. in. realizację umowy FSNT - NOT z Ministerstwem Nauki i Informatyzacji w sprawie projektów celowych dla małych i średnich przedsiębiorstw. Na mocy tej umowy przedsiębiorcom sektora małych i średnich firm przekazano dotychczas dofinansowanie w wysokości 138 mln 555 tys. 255 zł.