Przygotowana reforma gospodarki wodnej, obejmująca wprowadzenie nowej ustawy Prawo wodne wraz z szeregiem aktów wykonawczych wywołuje niepokój wśród użytkowników wód, do których należą przedsiębiorcy związani z hydroenergetyką. Wynika on z oceny kierunku, w jakim zmierza polityka wodna Polski, a także z niebezpieczeństwa utraty praw nabytych i nieuzasadnionego zwiększania obciążeń użytkowników wód oraz z wątpliwości odnoszących się do intencji wprowadzania zmian oraz ich skuteczności.

Sprzeciw branży hydroenergetycznej wzbudza fakt, że reforma nie uwzględnia żadnych planów rozwoju w obszarze gospodarczego wykorzystania wód. Skonstruowana jest wyłącznie w celu osiągnięcia celów środowiskowych. W nielicznych wypadkach uwzględnienia mechanizmów sprzyjających gospodarce, są one bardzo ogólnikowe, przypisany jest im najniższy priorytet i nie ma żadnych narzędzi, które miałyby je uruchamiać. Mechanizmy prośrodowiskowe z kolei, np. zapisy dotyczące ochrony ryb o znaczeniu gospodarczym, umożliwiają urzędnikom na szczeblu regionalnym weryfikację prawomocnych pozwoleń wodnoprawnych, stwarzając ryzyko utraty praw nabytych przez dotychczasowych użytkowników wód i naruszenia zasady zakazującej działania prawa wstecz.

Kolejnym problemem jest kwestia opłat za wodę. W ciągu ostatnich kilku lat kondycja finansowa sektora hydroenergetycznego w Polsce uległa znacznemu pogorszeniu. Załamanie na rynku świadectw pochodzenia energii ze źródeł odnawialnych przy jednoczesnym wzroście kosztów funkcjonowania elektrowni wodnych, wynikającym z konieczności dostosowywania obiektów hydroenergetycznych do coraz bardziej rygorystycznych wymogów korzystania z wód, spowodowały znaczne obniżenie rentowności przedsięwzięć hydroenergetycznych. W tych warunkach planowane wprowadzenie opłat za wodę w hydroenergetyce w połączeniu z planowaną w ustawie o odnawialnych źródłach energii stopniową redukcją możliwości korzystania z instrumentów wsparcia przez istniejące elektrownie wodne doprowadzi nieuchronnie do likwidacji wielu z nich.